Hodowla bakterii i grzybów na podłożach mikrobiologicznych uznawana jest za „złoty standard” w diagnostyce. Do wykrywania mikroorganizmów, ich namnażania i identyfikacji w warunkach in vitro służą podłoża (inaczej pożywki) hodowlane. Są to mieszaniny dobranych składników, zawierające odpowiednie związki odżywcze, które pozwalają na wzrost i namnażanie się wielu rodzajów lub jednej grupy mikroorganizmów. Mogą to być pożywki płynne (bez dodatku czynnika zestalającego - żelującego) lub podłoża stałe, zawierające w składzie agar (1-2%). Istnieje szereg podłoży mikrobiologicznych, które dedykowane są np. danym grupom bakterii (podłoża wybiórczo-różnicujące), a także przeznaczonych do posiewu odpowiednich materiałów klinicznych.

Przykładem są podłoża chromogenne, które upraszczają i przyspieszają proces identyfikacji bakterii, dzięki tworzeniu barwnych produktów hydrolizy – charakterystycznych dla określonych grup bakterii.

Diagnostyka mikrobiologiczna obejmuje kilka etapów:

1. Badania wstępne – obserwacje preparatu mikroskopowego przyżyciowego/utrwalonego
2. Badania zasadnicze – obserwacja wzrostu mikroorganizmów na podłożach mikrobiologicznych – analiza cech morfologicznych kolonii (wielkość, barwa, kształt, powierzchnia, konsystencja), badanie właściwości fizjologicznych (tlenowe, beztlenowe), biochemicznych (testy API) oraz barwienie metodą Grama (Gram-dodatnie, Gram-ujemne).

Podłoża mikrobiologiczne:

- agar tryptonowo sojowy z dodatkiem 5% krwi owczej (kolor czerwony podłoża)

- agar Sabouraud z chloramfenikolem (bezbarwny).

Wzrost bakterii na podłożu wybiórczo-różnicującym XLD (czarne kolonie).